Die 2. Handball-Bundesliga startete wie in den Jahren zuvor auch in der Saison 1998/99 mit einer Nord- und einer Südstaffel.
Saisonverlauf
Aus der Staffel Nord stiegen die HSG Nordhorn, aus der Staffel Süd der TSV Bayer Dormagen und der TV 08 Willstätt in die 1. Handball-Bundesliga auf.
Staffel Nord
Abschlusstabelle
Aufsteiger in die 1. Bundesliga: HSG Nordhorn.
Absteiger aus der 1. Bundesliga: –
Absteiger in die Regionalligen: SG Flensburg-Handewitt II.
Aufsteiger aus den Regionalligen: Ahlener SG, SG VTB/Altjührden und HSG Tarp-Wanderup.
Staffel Süd
Abschlusstabelle
Aufsteiger in die 1. Bundesliga: TSV Bayer Dormagen und TV 08 Willstätt.
Absteiger aus der 1. Bundesliga: –
Absteiger in die Regionalligen: TuS Eintracht Wiesbaden (Rückzug).
Aufsteiger aus den Regionalligen: Eschweger TSV und TV Kornwestheim.
Relegation
Modus-Änderung: Zunächst spielten die beiden Zweitplatzierten der 2. Handball-Bundesligen den ersten Aufsteiger aus. Danach traf der Verlierer auf TuS Schutterwald, den Sechzehnter der Handball-Bundesliga 1998/99, um den zweiten Aufsteiger zu ermitteln.
1. Relegation:
Hinspiel:
SG Hameln – TV 08 Willstätt 24:27
Rückspiel:
TV 08 Willstätt – SG Hameln 24:21
2. Relegation:
Hinspiel:
TuS Schutterwald – SG Hameln 21:16
Rückspiel
SG Hameln – TuS Schutterwald 23:18
- TV 08 Willstätt steigt in die Bundesliga auf – TuS Schutterwald verbleibt in der Bundesliga
Entscheidungen
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Absteiger in die Regionalligen
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(N)
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Aufsteiger der letzten Saison
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(A)
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Absteiger der letzten Saison
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