Baer wuchs in Paris auf und besuchte dort unter anderem das Collège Stanislas. Mit 18 Jahren trug er sich bei der privaten Schauspielschule Cours Florent ein. Später war er zunächst als Radiomoderator tätig, von 1992 bis 1997 bei dem Sender Radio Nova. Baer wechselte dann zu dem Bezahlfernsehsender Canal+. Die Musik zu seinem ersten eigenen Film, La bostella, den er im Jahr 2000 verwirklichte, schrieb sein Bruder, der Chanteur Julien Baer (* 1964).
In den Jahren 2008, 2009, 2018 und 2019 wurde Édouard Baer jeweils als Moderator („Maître de cérémonie“) für die Auftaktzeremonie und abschließende Preisgala der Internationalen Filmfestspielen von Cannes ausgewählt.[1]
