Advarsel! - Handling, afslutning og/eller plot afsløres i det følgende.
Historien foregår i det 22. århundrede hvor verdenen slet ikke ser ud som folk tror. Det er i realiteten en computergenereret verden der styres af maskinerne. Men en lille oprørsgruppe har tænkt sig at afsløre dette virtual reality komplot.
Afsløringer af handling, afslutning og/eller plot ender her.
Thomas A. Anderson Thomas er ifølge bibelen ham der tvivler. Anderson er sammensat af det græske ord andros, som betyder mand eller menneske, og son som i navne sammenhæng betyder søn af. Hvis man kommer Neo's hacker-alias (Neo) foran kan det læses som "den nye menneskesøn." Efternavnet Anderson kan være også en hilsen til science fiction-forfatteren Poul Anderson.
Neo – Thomas A. Andersons hackernavn; et anagram for One og Eon. Neo = ny, eon = tidsalder, one = ene/den udvalgte. Tilsammen kan dette udformes til "Den Nye Tidsalder" eller "Den Udvalgtes Nye Tidsalder"
Morpheus – spillet af Laurence Fishburne; Morfeus, den græske gud, var drømmenes gud. – I bibelsk forstand minder han om disciplen Peter og Johannes Døberen. Ham der fik en åbenbaring, en gud. Navnet kan også stamme fra det græske ord Metamorfose der betyder forvandling, da han jo er den der viser Neo sandheden, og forandrer hans syn på verden.
Cypher – spillet af Joe Pantoliano; er Judas, forrædderen, Lucifer eller Satan. Dette er godt illustreret med det symbolske skæg.
Agent Smith – spillet af Hugo Weaving; han er stereotypen, han kan bevæge sig gennem Matrix ubemærket. Navnet Smith svarer i USA til det samme som at hedde Jensen i Danmark, et mere end normalt navn, hvilket bygger videre på at han kan sætte sig ind i en mængde og være ubemærket.
Zion – i filmen menneskets sidste by; "Og jeg så en ny himmel og en ny jord. For den første himmel og den første jord forsvandt, og havet findes ikke mere." – Johannes' Åbenbaring Kapitel 21.
Matrix – selve ordet betyder oprindelse, livmoder = det sted man stammer fra. Det at leve i livmoderen svarer til at være beskyttet i en skal og/eller uvidende.