I sommeren 2006 skiftede Squillaci til Ligue 1's største klub Olympique Lyon, som han repræsenterede de efterfølgende to sæsoner, hvilket indbragte to mesterskaber og en pokaltitel. Herefter blev han i juli2008 solgt videre til den spanskeLa Liga-klub FC Sevilla, hvor han underskrev en tre-årig kontrakt. Med Sevilla vandt han i 2010 pokalturneringen Copa del Rey.
I august2010 valgte Squillaci at forlade Spanien og i stedet rejse til England, hvor han skrev kontrakt med Arsenal F.C., under ledelse af landsmanden Arsène Wenger. Squillaci nåede dog aldrig at cementere en fast plads som førstevalg i truppen under sit ophold hos Arsenal. Han spillede således kun 23 førsteholds kampe i løbet af sit treårige ophold i klubben. Squillaci forlod Arsenal i maj 2013 efter hans kontrakt udløb.
I juli2013 blev Squillaci præsenteret som spiller for den franske klub SC Bastia, på en foreløbig et-årig kontrakt, med mulighed for forlængelse.