I 2019 udgav Markager kommentaren "Debatten om udledningen af kvælstof er unødig polemisk" i Berlingske[3]
og kronikken "Farvande oversvømmes af alger – og Landbrugspakken vil kun gøre ondt værre" i Ingeniøren.[4]
Baseret på en NOVANA-rapport[5] skrev han:
„
Den mængde kvælstof, som tilføres havet, er steget 700 tons pr. år siden 2010 (data fremgår af rapporten Vandløb 2017) efter at der er korrigeret for udsving i nedbør. Stigningen er statistisk signifikant.
“
Den danske landbrugsorganisation stævnede Markager for æreskrænkelse og en retssag kørte ved Retten i Hillerød i juni 2021.[6]
Den 2. juli 2021 blev han frifundet for æreskrænkelse, og Bæredygtigt Landbrug skal betale sagens omkostninger.[7].