Skanderborg Sø er skabt under afslutningen på den sidste istid, altså for lidt over 10.000 år siden.
Søen er omgivet af enge, rørskove, småsøer, agerland og en smule skov. Der er tre små øer i søen; Kalvø, Æbelø og de små Sct. Thomas og Sct. Helene.[1] Tidligere var der flere mindre øer, men i 1912 og 1932 sænkede man vandstanden i søen, for at minimere oversvømmelserne at de omkringliggende landbrugsarealer ved de årlige tøbrud. Det bevirkede blandt andet, at flere øer blev enten landfaste eller fusionerede.[2][3]
