Iwata blev født i Sapporo i Hokkaido, Japan. Hans interesse i videospil kom til udtryk meget tidligt, og i skolen programmerede han spil på en lommeregner, som han lod sine venner spille på.
Uddannelse
Efter High School blev Iwata optaget på Tokyos tekniske institut, hvor han skrev speciale i computerteknologi. Det miljø Iwata da færdedes i betød, at Iwatas tekniske ekspertise og passion for videospil blev opdaget. Han blev senere en del af HAL Laboratoy, inc.
HAL Laboratory, inc.
I 1982, efter at have afsluttet college, blev Iwata ansat fuld tid hos HAL. Han blev ansvarlig for koordination af softwareproduktion i 1983. Nogle af de spiltitler, han hjalp med at udvikle i sin tid hos HAL, var Balloon Fight, EarthBound (også kendt som Mother i Japan) og Kirby. Iwata blev forfremmet til præsident for HAL i 1993.
Nintendo
I 2000 blev Iwata ansat hos Nintendo. Da den daværende præsident siden 1949, Hiroshi Yamauchi, trak sig tilbage den 31. maj 2002, blev Iwata indsat som Nintendos fjerde præsident og den første præsident der ikke er relateret til Yamauchi-familien.