SønderjyskE blev skabt som en klub for hele Sønderjylland, da det var åbenlyst, at det var umuligt at skabe elitehold, der kunne konkurrere i de bedste ligaer på det tidligere byholdsbasis. Herrernes fodboldhold havde tidligere udelukkende base i Haderslev by under navnet Haderslev FK. I 2004 fusionerede alle eliteholdene i fodbold, ishockey og håndbold til SønderjyskE, hvilket gjorde det muligt for klubberne at repræsentere ikke kun en by, men hele Sønderjyllands region, hvilket gjorde holdene mere opmærksomme fra sponsorer, fans og medier. og gjorde det nemmere at beholde talenter i Sønderjylland.
Efter oprykningen til Jack & Jones Ligaen i 2011, spillede holdet sig for første gang i slutspillet i 2012/13-sæsonen og sluttede på en samlet 6. plads.[2][3][4] Herefter etablerede de sig som fast ligahold, ved at slutte som nr. 5 i grundspillet i den efterfølgende sæson. Alligevel var de blot et enkelt point fra Aalborg Håndbold, til at kvalificere sig til DM-semifinalerne. Ligeledes var de a point med Bjerringbro-Silkeborg i HTH Ligaen 2020-21, med seks point for at komme i DM-semifinalerne. Her gik BSV dog videre, grundet en bedre målscore på +4 mod SønderjyskE's -4.[5]
