Lindeman har ved siden af sin betydelige praktiske virksomhed skrevet adskilligt, hvoraf er udkommet 4 hæfter sange med klaver, klaverstykker, orgelpræludier, motetter for blandet kor, samt en orgelskole og praktisk modulationslære. Sammen med faderen oprettede han 1883 en organistskole, hvis enebestyrer han efter faderens død blev. Denne skole oparbejdede han fra en meget beskeden begyndelse til at omfatte alle musikkens grene med et elevantal af c. 800; den understøttedes af staten.