Han var søn af gårdejer og sognefoged Jørgen Thomsen og Maren Melchiorsdatter og var den yngste af syv søskende. Han gik på Jelling Seminarium, hvorfra han tog lærereksamen i 1861. Samme år blev han ansat som lærer i Thorsted, blev 1862 lærer i Brejning og 1870 lærer og kirkesanger i Måbjerg. Den 1. januar1904 gik han på pension. Fra 1879 var Peder Jørgensen også gårdejer.
Han "søgte efter opfordring valg til Folketinget i Svendborg amts 3. valgkreds" i 1892, hvor han valgtes den 20. april. "Jeg hørte til den lille Bergske gruppe; vort lille partis fører var den nuværende konseilspræsident J.C. Christensen. Jeg genvalgtes i 1895, og jeg var efter dette valg med til dannelsen af Venstre-Reformpartiet. J.C. Christensen blev også dette partis af alle anerkendte fører. Vinteren før de nye folketingsvalg i 1898 led jeg af en ørelidelse, der gjorde, at jeg ikke søgte genvalg nævnte år".[1]