I vestenden af skoven, op til Århusbakken ligger den lille Lillesø, der er en naturlig, uforurenet sø på 1,5 ha omgivet af hængesæk med bl.a. kæruld og tørvemos.
I Nordskoven er der 79,3 ha der er omfattet af naturbeskyttelseslovens§ 3, fordelt på 44,6 ha sø (hvoraf Silkeborg Langsø udgør 39,6 ha), 13,2 ha mose (hvoraf ca. halvdelen er skovbevokset), 8,1 ha hede, 6,9 ha vandløb (Remstrup Å) og 1,9 ha eng. Der er udlagt 281,1 ha til særlige naturskovstyper under Natuskovsstrategien.