Natura 2000-område er specielt udpeget for at beskytte det store, lavvandede hav med omgivende strandenge, de tilknyttede yngle- og trækfugle samt klitnaturtyperne.
Nordkysten af Fyn har været en fliget kyst med en vrimmel af fjorde og øer, hvoraf Æbelø, Dræet og Ejlinge er dannet som morænebakker under sidste istid. I slutningen af 1800-tallet blev flere af øerne forbundet med diger, i forsøg på at afvande og opdyrke jorden. Nogle af de
inddæmmede arealer henligger nu som strandenge, ferske enge og moser.
Det er et havområde med vidtstrakte lavvandede sandflader, stenrev, dybe sedimentationsbassiner
samt en række strandsøer og kystlaguner, hvoraf den lavvandede Nærå Strand er den største i området. En stor del af de lavvandede flader er blotlagte ved ebbe, og der dannes
der stadig nye øer ved havets aflejringer. På læsiden af øerne dannes krumodder og strandvolde. På lavt vand findes store forekomster af sten, mens stenforekomsterne på dybere vand er blevet reduceret betydeligt som følge af tidligere tiders stenfiskeri. Stenrevene har et rigt plante- og dyreliv. Området er levested for spættet sæl og marsvin.
Hele Æbelø med Æbeløholm, Brådet, Dræet og Drættegrund og omfattende vandarealer, i alt 3.247 ha, heraf 251 ha land, blev fredet i 2002. [3]
Ved halvøenNørreby Hals eller blot Halsen, der er den nordvestlige afgrænsning af Nærå Strand blev i alt 29 hektar med sand- og stenstrand, strandenge, strandsøer og strandfælled fredet i 1979.[4]
Ved vestkysten, i bunden af Nærå Strand, findes brede rørskove og strandfælleder, og på de stejle skråninger rundt om Kissebjerg trives et gammelt tjørnekrat. Her er 26 hektar fredet i 1979, dels af hensyn til områdets arkæologi og dels af hensyn til naturen og fuglelivet.[5]