Mossø er skabt under sidste istid, altså for ca. 10.000 år siden. Dybdemæssigt er Mossø opdelt i to bassiner – et lille og lavvandet vestligt samt et stort og meget dybt østligt. De to bassiner er delt af en lavvandet tange, der fra Emborg Odde strækker sig næsten helt over til sydsiden. Mossø afvander til Gudenåen nær Klostermølle i søens vestende.