Thorup er redaktør på det videnskabelige tidsskriftJournal of the ACM i emner der berører algoritmer og datastrukturer.[7] Han er endvidere medlem af redaktionerne på SIAM Journal on Computing, ACM Transactions on Algorithms og Theory of Computing.
Han har været fellow i Association for Computing Machinery siden 2005 for sine bidrag til algoritmer og datastrukturer.[8] Han blev medlem af Videnskabernes Selskab i 2006. I 2010 modtog han AT&T Fellows Honor for “enestående innovation i algoritmer, herunder avancerede hashing og stikprøver anvendes på AT & Ts trafikanalyse på internettet og tale-tjenester.”[9]
I 2011 modtog han sammen med fire andre David P. Robbins Prize fra Mathematical Association of America for at have løst det omkring 150 år gamle problem med at finde det maksimale udhæng for en stabel af identiske blokke.[10] “The papers describe an impressive result in discrete mathematics; the problem is easily understood and the arguments, despite their depth, are easily accessible to any motivated undergraduate.” [4]
Thorup, Mikkel (1999). "Undirected Single Source Shortest Paths with Positive Integer Weights in Linear Time". Journal of the ACM. 46 (3): 362-394. doi:10.1145/316542.316548. Announced at FOCS 1997.