Den primære opgave for organisationen er gennem hospitalsskibe, at udøve gratis sundhedspleje og levere sundheds-systemer og uddanne medicinsk-personale til trængende lande.
Siden 1978 har Mercy Ships flåde arbejdet ud fra godt 70 havneområder med bistand af frivillige fra flere end 50 lande.
I 2012 er det nyeste skib, som organisationen har taget i brug er den tidligere danske DSB-færgeDronning Ingrid i 2007, som blev omdannet til et topmoderne flydende hospital med seks operationsstuer samt 80 sengepladser.
På skibet udføres der på årsbasis mere end 30.000 operationer/ behandlinger om bord på skibet ved hjælp af i alt ca. 475 besætnings-medlemmer der primært består af læger og sygeplejersker.