Klubben blev grundlagt i 2009 under navnet Melbourne Heart, og blev medlem af A-League i 2010-11 sæsonen.[1]
Klubben blev i 2014 købt af City Football Group, som også ejer Manchester City og New York City FC. Klubbens branding blev herefter ændret til at passe med dens nye søsterklubber, da klubben blev omdøbt til Melbourne City, og deres røde og hvid stribet trøjer blev ændret til den lyseblå farve som de andre hold også bruger.[2]
Klubben vandt sit første australske mesterskab i 2021.[3]
Nuværende trup
Oversigten er opdateret til og med 30. april 2022.[4]