Bugenhagen kom fra Wittenberg til København i juli 1537 og blev i Danmark i to år.
Han skulle hjælpe med genoprettelsen af Københavns Universitet , reformationens fuldendelse og kongens og dronningens kroning 12. august 1537 – Christian 3. og dronning Dorothea. Desuden indsatte han lutherske biskopper, superintendenter, september samme år. Han havde også en afgørende indflydelse på udarbejdelsen af en luthersk kirkeordinans eller kirkeforfatning, en samling kirkelige lovtekster, som strukturerede det nye kirkeliv i Danmark og Norge.
Litteratur
Johannes Bugenhagen: Sendebrev til Den danske Kirke. Sabro: Jørgen Glenthøj, 1986. 19 sider. DK5=20.8
Johannes Bugenhagens sendebrev til de danske superintendanter, skrevet kort før hans afrejse fra Danmark, efter at han i to år havde været hovedmanden bag kirkeordinantsen af 2. september 1537. Oversat fra latin. Udgivet i anledning af 450-året for reformationen i Danmark 30. oktober 1536. Originalmanuskript: 1539.
Kirkeordinansen 1537/39 : Det danske Udkast til Kirkeordinansen (1537), Ordinatio Ecclesiastica Regnorum Daniæ et Norwegiæ et Ducatuum Sleswicensis Holtsatiæ etc. (1537), Den danske Kirkeordinans (1539). Tekstudgave med indledning og noter ved Martin Schwarz Lausten. Forlag: Akademisk. 1989. 270 sider. Bidrag på dansk og latin. DK5=20.8. ISBN87-500-2782-4
Martin Schwarz Lausten: Johann Bugenhagen – Luthersk reformator i Tyskland og i Danmark, Anis, 2011. ISBN978-87-7457-567-2.
Martin Schwarz Lausten: Christian d. 3. og kirken (1537-1559). Nr. 1 i serien Studier i den danske reformationskirke. Akademisk Forlag, 1987. 246 sider. DK5=27.62. ISBN87-500-2687-9
Om reformationskongen Christian d. 3's (1503-1559) overvejelser om forholdet mellem stat og kirke, og om den fremgangsmåde man fulgte, da den nye lutherske kirke skulle organiseres og administreres.