Heede ligger omkring ti kilometer øst for Elmshorn, tre kilometer øst for Barmstedt og ni kilometer nordvest for Quickborn.
Kommunen er præget af hedeområder og indlandsklitter hvilket navnet også er afledt af. I nærheden af byen ligger rekreationsområdet „Heeder Tannen“ med et stort skovområde. Vandløbet Krückau løber gennem kommunen.