Blandt Pedersens elektroniske værker er Et Lydår fra sidst i 1970'erne,[2] der var skabt til Glyptotekets vinterhave som 12 musikstykker for hver måned.
Han har også skabt installationsmusik til Glasmuseet Ebeltoft.
Hans værk Lamentation de Moruroa fra 1989 er en protest over de franske atomprøvesprængninger.
Svanesang fra 1996 er en lydskulptur for flere kor og solister.[1]
Han har skrevet to operaer. Den ene er bygget på Günther Grass roman fra 1986 Rottesken, og operaen blev uropført i 2000 af Cantabile 2 på festivalen Lys over Lolland.[3]
Blandt hans seneste værker er Dodekalitten, et projekt på en mark i Lolland i samarbejde med billedhuggeren Thomas Kadziola.[4]