Bygningen blev bygget på grund af Viborg blev det militære centrum for Fyn og Jylland, efter Hærloven af 1909 bestemte at 2. Generalkommando skulle flyttes fra Aarhus til Viborg, som én af to Generalkommandoer i landet. Det var Viborg Kommune der skulle stå for opførslen af bygningen, og indkvartering af det medfølgende personale. Jyske Brigade fik også deres stabskvarter i bygningen. I 1923 blev Generalkommandoen i Viborg nedlagt, og der var kun Generalkommandoen i København tilbage i landet. Jyske Brigade skiftede navn til 2. Jydske Division, og igen i 1933 til Jydske Division. Staben benyttede Generalkommandoenbygningen indtil november 1942, hvor tyskerne under 2. verdenskrig flyttede alle danske militære enheder væk fra Jylland.
Efter krigens afslutning kom bygningen igen i Forsvarets besiddelse. Forsvarets Bygningstjeneste overtog bygningen i 1959, efter at indkvarteringsloven af 1924 var blev ophævet, og dermed Viborg Kommunes forpligtelser overfor personalet og bygningerne. I 1976 flyttede Bygningstjeneste selv ind i bygningen som eneste bruger af Generalkommandoen. Forsvarets Bygningstjeneste flyttede i 2007 personalet til Hjørring, og Forsvaret solgte bygningerne til en privat ejer.
