Han spillede i alt 131 kampe for AGF. Hans karriere blev sat tilbage, da han i en træningskamp mod AaB i juli 2010 blevalvorligt skadet og derpå var ude i over et halvt år.
Den 24. maj 2011 udløb Frederik Krabbes kontrakt med AGF,[1] hvorefter han skiftede på en fri transfer til Lyngby på en to-årig kontrakt.[2]
I juli 2013 indgik Krabbe kontrakt med Arendal Fotball i den tredjebedste norske række.[3]
I december 2014 indgik han en toethalvtårig kontrakt med Hvidovre IF.[4] I sommeren 2019 blev Krabbe udlejet til HIK for efterårssæsonen,[5] og derpå skiftede han permanent til denne klub.[6]