I maj 1943 besluttede et familieråd i den storhertugelige familie at forbigå Frederik Frans som arving og familieoverhoved til fordel for hans yngre bror, Hertug Christian Ludvig, som arving af familiebesiddelserne. Christian Ludvig blev overhoved for Huset Mecklenburg-Schwerin, da faderen døde den 17. november 1945.
Frederik Frans giftede sig den 11. juni1941 i Willigrad med Karin Elisabeth von Schaper (1920–2012), datter af Walter von Schaper og baronesse Louise von Münchhausen. De blev skilt den 22. september1967, men giftede sig igen den 27. april1977 på Glücksborg Slot.[3] Ved broderen Christian Ludvigs død i Hamburg i 1996 var Frederik Frans det eneste overlevende mandlige medlem af Huset Mecklenburg-Schwerin, da hans bror kun havde to døtre. Ved Frederik Frans' død i 2001 uddøde Huset Mecklenburg-Schwerins mandlige linje.