I 1605 blev han ansat som orgelbygger, siden som organist, ved hoffet i Braunschweig-Wolfenbüttel. Man mener, han allerede kort efter begyndte på at konstruere det kammerorgel, der senere skulle blive opkaldt efter ham. Orgelt var i Wolfenbüttel, men blev i 1617 skænket til Christian 4. af Friedrich Ulrich af Braunschweig-Wolfenbüttel, søn af Cristians nyligt afdøde svoger Heinrich Julius. Compenius tog med orgelet til Danmark for at forestå dets opsættelse og døde enten før eller kort efter dets opsættelse i Frederiksborg Slotskirke.