Ellerau ligger cirka 3 kilometer nord for Quickborn og omkring 25 kilometer nord for Hamborg.
Ellerau ligger ved bækken Krumbek. Kommunens sydvestlige grænse dannes af Gronau, vestgænsen af Pinnau. I den nordlige del af området løber Ebach.
I byens centrum er Krumbek opstemmet til en dam, der ligger i en lille park.
Ellerau har jernbanestation på strækningen Hamburg-Altona–Kaltenkirchen–Neumünster, med cirka 45 minutters rejse til Hamborg. Motorvejen A 7 går gennem kommunen men nærmeste tilkørsel er i Quickborn få kilometer mod syd.