Comedy Zoo åbnede for første gang dørene i Boltens Gård i indre København i 1993.[1] I 1998 flyttede klubben ned i de gamle stræder og overtog den gamle art house-biograf Delta Bio’s lokaler, og siden har Comedy Zoo holdt til i Knabrostræde 19.[1][2]
I 2013 udvidede Comedy Zoo med en afdeling i Aarhus, hvor der hver fredag og lørdag kører shows i Musikhusets teater Filuren.[3]