Baagøe er søn af skibsfører Jan Hansen Baagøe og Dorthea Frederikke født Hendriksen. Han viste tidlig lyst til at tegne og blev derfor sat i malerlære, medens han samtidig fik adgang til Kunstakademiet. Efter at han 1848 var bleven svend, ernærede han sig som dekorationsmaler og øvede sig i sin fritid som marinemaler, mest ved at studere på værfterne. Omsider følte han sig så vidt, at han ganske opgav håndværket, og fra 1855 har han udstillet som marinemaler. I 1864 havde han en mindre rejseunderstøttelse af Akademiet (400 Kr.), medens han så vel før som senere har foretaget talrige sørejser for sine studiers skyld. Han vælger gerne rolige, venlige motiver med stille luft og laber kuling, som oftest fra vore egne indre farvande, og har for en stor del fundet afsætning for sine billeder i England. I 1862 ægtede han Ida Hansine Sørensen.
Når en omskrivning af teksten til et mere nutidigt sprog og wikificeringen er foretaget, skal der anføres en reference med henvisning til forfatteren og den relevante udgave af DBL, jf. stilmanualen. Dette angives som fx: {{Kilde |forfatter=Navn |titel=Efternavn, Fornavn |url=https://runeberg.org/dbl/... |work=[[Dansk Biografisk Leksikon]] |udgave=1 |bind=I til XIX |side=xxx |besøgsdato=dags dato}} og herefter indsættelse af [[Kategori:Artikler fra 1. udgave af Dansk biografisk leksikon]] i stedet for DBL-skabelonen.