Kommunen Berkenthin er præget af Elbe-Lübeck-Kanal og ligger sydøst for der hansestadenLübeck. Klein-Berkenthin ligger vest for kanalen og Groß-Berkenthin på den østlige kanalbred. Bydelene er forbundet med en stålbro til biltrafik, og i den sydlige ende af byen fører en fodgængerbro over kanalen til Maria-Magdalenen-Kirche. Den østlige del af kommunen er en del af Naturpark Lauenburgische Seen.