Museet er etableret i 1922 og indrettet i to af Store Maglebys ældste firlængede bindingsværksgårde.
Gennem faste og skiftende udstillinger belyser museet Amagers kulturhistorie, herunder især den hollandsk prægede bondekultur, der blev udviklet efter, at Christian 2. i 1500-tallet bosatte en række nederlandske bønder med det formål at forsyne såvel slottet som de københavnske markeder med mere avancerede grøntsager af en kvalitet, som kunne måle sig med den allerede navnkundige grøntsagsproduktion, kendt fra Nederlandene.
Amagermuseet fremviser typiske interiører, der er originale og hentet fra omegnens gårde, kombineret med billedkunst af bl.a. Julius Exner samt en righoldig samling af amagerdragter og -syninger. Derudover findes også en havebrugsudstilling.
