Henriksen blev dr.phil. på afhandlingen Kierkegaards Romaner (1954), og i 1968 blev han professor i nordisk litteratur ved Københavns Universitet, hvilket han var til sin pensionering i 1990. Han var en usædvanlig skikkelse i den akademiske verden, og hans venskab med Karen Blixen1953-61 prægede hans forskning og undervisning, der ofte var fokuseret på temaer som bevidsthedsudvidelse, individuation og esoterisk visdom. Hans møde med Blixen er bl.a. beskrevet i De ubændige (1984), og hans ønske om at kunne beskrive sine erfaringer førte ham til Goethe.
Aage Henriksen var sammen med Johan Fjord Jensen grundlægger af tidsskriftet Kritik (1967), ligesom hans kreds var den drivende kraft bag udgivelsen af en firebinds Ideologihistorie (1975-76).
