Yn 1872, sefydlwyd y brifysgol newydd yn Aberystwyth, ac apwyntiwyd Edwards fel y Prifathro cyntaf. Ymddiswyddodd yn 1891, yn rhannol am resymau iechyd ac yn rhannol i ddilyn ei dad fel pennaeth Coleg y Bala, a oedd bryd hynny lawn cyn bwysiced â'r coleg newydd yn Aberystwyth.[1]