Erthygl am brifddinas Puerto Rico yw hon. Gweler hefyd San Juan (gwahaniaethu).
Prifddinas a dinas fwyaf Puerto Rico yw San Juan (talfyriad o'r enw Sbaeneg, San Juan Bautista "SantIoan Fedyddiwr"). Yn ôl cyfrifiad 2000 roedd ganddi boblogaeth o 433,733, sy'n ei gwneud y ddinas 42ail fwyaf dan reolaeth yr Unol Daleithiau. Sefydlwyd San Juan gan wladychwyr Sbaenaidd yn 1521, a chafodd ei galw yn Ciudad de Puerto Rico ("Dinas Puerto Rico"). Yn ogystal â bod y ddinas hynaf ym Mhuerto Rico, hi yw'r ddinas hynaf yn yr Unol Daleithiau i gael ei sefydlu gan Ewropeiaid a'r ail hynaf felly yn yr Amerig gyfan, ar ôl Santo Domingo, Gweriniaeth Dominica. Ceir sawl adeilad hanesyddol yn San Juan, e.e. yr hen gaerau arfordirol, Fort San Felipe del Morro a Fort San Cristobál.
Heddiw, mae San Juan yn gwasanaethu fel un o borthladdoedd mwyaf Puerto Rico a hi hefyd yw canolfan gwaith cynhyrchu, gwasanaethau ariannol, diwylliant a thwristiaeth y wlad. Mae tua 2 filiwn o bobl yn byw yn yr ardal fetropolitaidd sy'n cynnwys San Juan ei hun a maesdrefi dinesig Bayamón, Guaynabo, Cataño, Canóvanas, Caguas, Toa Alta, Toa Baja, Carolina a Trujillo Alto; felly mae tua hanner poblogaeth Puerto Rico yn byw ac yn gweithio yn yr ardal hon erbyn heddiw.