Yn ystod ei ryfel yn erbyn teyrnas Judaea cipiodd Nebuchodnesar ddinas Jeriwsalem a'i dinistrio yn 586 CC. Gorfodwyd nifer o'r trigolion i fudo i Fesopotamia. Mae'r Iddewon yn galw'r cyfnod a dreuliasant yno yr Alltudiaeth Fabilonaidd. Yn ôl traddodiad cludwyd Arch y Cyfamod i Fabilon ganddo.
Gerddi Crog Babilon
Ymhlith y carcharorion oedd Daniel. Enillodd Daniel rym a dylanwad ym Mabilon trwy egluro ystyr breuddwyd a gafodd y brenin am ddelwedd aur â thraed o glai (Dan 2:32-3). Gyda thri Iddew arall, Shadrach, Meshach ac Abednego, gwrthododd Daniel addoli'r delwedd aur a greuwyd ar orchymyn y brenin a goroesodd brofedigaeth y Ffwrnas Tanllyd (Dan 3:19-30). Tro arall anwybyddodd Nebuchodnesar ddadansoddiad Daniel o freuddwyd am goeden a dorwyd i lawr i'w bôn gan angel, a oedd yn golygu y byddai'r brenin yn cael ei ddarostwng os nad edifarheuai. Flwyddyn yn ddiweddarach, ac yntau'n bostio am ei allu mawr, aeth Nebuchodnesar o'i gof. Aeth i grwydro yn yr anialwch gan fwyta gwair fel anifail gwyllt (Dan 4:33).
