Dechreuwyd ar y gwaith o'i chodi tua'r flwyddyn 1100 ond ni chafodd ei hagor yn swyddogol tan 1220. Ychwanegwyd y ddau dŵr yn 1781–87.
Yn 1519 cafodd Ulrich Zwingli ei ethol yn bregethwr yn eglwys y Grossmünster. Yn ogystal â phregethu'r Efengyl yno, llwyddodd i berswadio gwŷr Zurich i beidio cymryd rhan yng nghynghrair y cantonau eraill gyda Ffrainc. Yn 1523 mabwysiadodd cyngor Zürich 67 Pwynt Zwingli; carreg filltir yn hanes y Diwygiad yn y Swistir ac Ewrop gyfan. Dros y blynyddoedd nesaf gwnaeth sawl diwygiad yn cynnwys hebgor y sagrafen. Am gyfnod, felly, y Grossmünster oedd prif ganolfan Protestaniaeth gynnar.