Yn wreiddiol, roedd gorsaf reilffordd Glyndyfrdwy yn orsaf ar Reilffordd Llangollen a Chorwen, sydd wedi agor ar 8 Mai 1865. Caewyd y lein i deithwyr ar 18 Ionawr 1965. Dymchwelwyd y ddwy blatfform a'r lein, a throwyd y safle yn faes chwarae i blant; gwerthwyd tŷ'r orsaf.
Ailadeiladwyd y lein, ac agorwyd yr orsaf yn rhan o Reilffordd Llangollen ar 17 Ebrill 1992. Daeth y bocs signal ar ben gorllewinol yr orsaf o'r Bermo. Roedd rhaid adeiladu platfformau newydd, ac ychwanegu hen adeilad o Northwich ym 1992[1]. Mae'r orsaf yn pum milltir i'r gorllewin o Langollen ym mhentref Glyndyfrdwy.
