Roedd yn fab ieuengaf i Theodosius I a'i wraig gyntaf Aelia Flaccilla. Cyhoeddwyd Honorius yn "Augustus", ac felly'n gyd-ymerawdwr a'i dad, ar 23 Ionawr393, yn naw oed.
Ar farwolaeth ei dad yn Ionawr 395 rhannwyd yr ymerodraeth rhyngddo ef a'i frawd Arcadius, a ddaeth yn ymerawdwr yn y dwyrain.
Yn ystod y rhan gyntaf o'i deyrnasiad, roedd Honorius yn dibynnu ar y cadfridog FandalaiddStilicho. Priododd ferch Stilicho, Maria. Pan ymosododd y Fisigothiaid ar yr Eidal yn 402, symudodd Honorius y brifddinas i Ravenna. Yn ystod ei deyrnasiad bu nifer o wrthryfeloedd ac ymgeisiadau i gipio'r orsedd, ynghyd ag ymosodiadau gan y barbariaid. Yn 408 cymerwyd Stilicho i'r ddalfa a'i ddienyddio. Yn 410 cipiwyd Rhufain gan Alaric I, brenin y Fisigothiaid.