Šebestián z Pöttingu reformoval pastoraci v pasovské diecézi a podporoval jezuity, kterým umožnil dostavbu kostela sv. Michala (1677). Z jeho iniciativy také z velké části vznikl návrh nové barokní katedrály sv. Štěpána.
V roce 1683 v Pasově přijal císaře, který se svým dvorem uprchl před tureckou hrozbou a téhož roku byl Pötting jmenován císařským vyslancem u říšského sněmu v Řezně. Tento post zastával čtyři roky.
Hrabě Šebestián Jan z Pöttingu zemřel dne 19. března 1689 v klášteře Mariahilf a byl pohřben v biskupské kryptě v katedrále sv. Štěpána. Jeho pomník se nachází vpravo od hlavního oltáře.
