Soutěže se účastnilo celkem 14 klubů. Ty se nejprve utkaly vzájemně 4× každý s každým (vždy dvakrát na svém hřišti a dvakrát na soupeřově hřišti). Po odehrání těchto 52 utkání se sestavila tabulka (vítězství bylo obodováno 3 body, vítězství v prodloužení či na samostatné nájezdy za 2 body, naopak porážka v prodloužení či na samostatné nájezdy za 1 bod a porážka v základní době není bodována vůbec). Prvních šest týmů postoupilo do playoff přímo, týmy na 7. až 10. místě postoupily do předkola playoff a níže umístěné celky se utkaly ve skupině playout.
Playoff
V předkole playoff se utkal tým na 7. místě s týmem na 10. místě a tým na osmém místě s týmem na místě devátém. Do dalších bojů postoupil z dvojice vždy ten celek, který dříve dosáhl tří vítězství. Postoupivší týmy doplnily předchozích šest týmů v playoff, v němž se utkaly 1. tým po základní části s týmem postupujícím z předkola, který byl po základní části v tabulce extraligy hůře umístěn. Zbývající postupující z předkola se utkal s týmem na druhém místě a další dvojice vytvoří týmy na 3. a 6. místě, resp. na 4. a 5. místě. Z těchto čtyř dvojic postoupily do dalších bojů celky, jež dříve dosáhly čtyř vítězství. V semifinále se utkaly tým postupující ze čtvrtfinále, který byl po základní části nejvýše postaven ze všech čtyř semifinalistů, s týmem postoupivším ze čtvrtfinále, který byl po základní části naopak nejhorším ze všech týmů, jež do semifinále postoupily. Zbylé dva týmy utvořily druhou dvojici. Do finále postoupil z obou dvojic vždy ten celek, který dosáhl dříve čtyř vítězství. Finále se hrálo na čtyři vítězná utkání a jeho vítěz získal titul mistra extraligy a Masarykův pohár. Ve všech fázích playoff začínaly boje vždy dvěma utkáními na stadionu lépe postaveného týmu po základní části, dále následovalo jedno nebo dvě utkání (to podle vývoje série) na hřišti hůře postaveného týmu a následně – pokud je odehrání těchto utkání nutné – se týmy v pořadatelství střídaly, a to vždy po jednom zápase.
Playout
Do playout si celky přinášely bodové zisky a počty vstřelených i obdržených branek totožné se základní tabulkou a následně se utkávaly vzájemně mezi sebou, kdy každý z týmů odehrál celkem šest utkání, a to s každým z týmů ve skupině playout (jednou coby hostitel utkání, podruhé co by hostující tým). Výsledky i bodové zisky (vítězství je bodováno 3 body, vítězství v prodloužení či na samostatné nájezdy za 2 body, naopak porážka v prodloužení či na samostatné nájezdy za 1 bod a porážka v základní době není bodována vůbec) byly připočítány k ziskům po základní části a dva nejhorší týmy se utkaly se dvěma nejlepšími týmy první ligy v baráži o setrvání v extralize i pro příští sezónu.
Baráž
V baráži se střetly dva nejhorší týmy extraligy (po odehrání zápasů skupiny playout) s vítěznými semifinalisty první ligy. Baráž se hrála formou čtyřčlenné skupiny čtyřkolovým systémem každý s každým (celkem tedy 12 kol). Po odehrání všech utkání baráže se sestavila tabulka a týmy na prvních dvou místech budou hrát v sezóně 2017/2018 extraligu, zbylé dva týmy první ligu.
V baráži o extraligovou příslušnost v příštím ročníku se utkaly čtyřkolově každý s každým (celkem 12 kol) poslední dva týmy po play out extraligy (Karlovy Vary a Pardubice) a vítězové semifinále 1. ligy (České Budějovice a Jihlava) o dvě místa v dalším ročníku extraligy.
Při utkání 2. kola Škoda Plzeň - Oceláři Třinec byl trefen tečovaným kotoučem čárový arbitr Tomáš Pešek, který zápas nemohl z důvodu vyražených zubů, tržné rány na rtu a podezřením na otřes mozku dopískat. Peška nahradil od 2. třetiny tehdy prvoligový Ondřej Malý.
Při utkání 1. čtvrtfinále Sparta Praha - HC Kometa Brno byl zasažen holí hlavní arbitr Vladimír Pešina. Zápas nemohl dokončit z důvodu 2 stehů v oblasti rtu, a proto byl donucen druhý hlavní arbitr Daniel Pražák pískat sám. Od 3. třetiny mu pomohl zápas dopískat Pavel Hodek.
Při utkání 6. semifinále HC Kometa Brno - Mountfield Hradec Králové byl zapleten do srážky 2 hráčů i čárový rozhodčí Tomáš Brejcha, který upadl na hlavu a s podezřením na otřes mozku byl převezen do nemocnice. V prodloužení pískal místo něj na čáře druholigový Pavel Mikšík.
Hlavní
Všichni
2 Robert Čech
4 Oldřich Hejduk
5 Pavel Hodek
7 Tomáš Horák
8 René Hradil
9 Jan Hribik
10 Petr Lacina
12 Roman Mrkva
14 Alexander Pavlovič
15 Vladimír Pešina
16 Roman Polák
{18 Štěpán Souček
19 Roman Svoboda
21 Robin Šír
23 Petr Úlehla
58 Lukáš Krob (do 9. kola)
59 Miroslav Petružálek
60 Daniel Pražák
64 Vjačeslav Bulanov (od 19. kola)
65 Lukáš Bejček (od 31. kola)
66 Adam Kika (od 31. kola)
67 Zbyněk Kubičík (od 31. kola)
Čároví
Všichni
25 Stanislav Barvíř – 27 Petr Blümel
26 Jaromír Bláha – 51 Josef Špůr
28 Tomáš Brejcha – 49 Libor Suchánek
30 Jiří Flegl – 47 David Polonyi
31 Jakub Frodl – 53 Kamil Zavřel
32 Jiří Gebauer – 42 Vít Lederer
33 Tomáš Gerát – 35 Daniel Hynek
34 Marek Hlavatý – 52 Rudolf Tošenovjan
43 Miroslav Lhotský – 50 Jiří Svoboda
41 Vít Komárek – 45 Jiří Ondráček
46 Tomáš Pešek – 37 David Jelínek
63 Jiří Rozlílek – 61 Ondřej Kokrment
70 Jiří Ganger (od 2. kola play-out) – 71 Václav Hanzlík (od 2. kola play-out)
54 Michal Zíka – 62 Petr Kotlík
Mezinárodní rozhodčí v Extralize
Hlavní
Tobias Wehrli
Andreas Harnebring
Jozef Kubuš
Daniel Konc
Milan Novák
Róbert Müllner
Marian Rohatsch
Vladimír Baluška
Mikko Kaukokari
Čároví
Do sezóny 2016/17 nenastoupil žádný mezinárodní čárový rozhodčí.
↑ZELENKO, Anton. Jihlava je po výhře v čele barážové skupiny, Vary padly s Pardubicemi. iDNES.cz [online]. 2017-04-16 [cit. 2017-04-17]. Dostupné online.
↑TOMAS, Jaroslav. Jihlava je blízko návratu do extraligy, Pardubice si zkomplikovaly život. iDNES.cz [online]. 2017-04-18 [cit. 2017-04-18]. Dostupné online.
↑ZELENKO, Anton. Jihlava je extraligová. V neděli se rozhodne mezi Vary a Pardubicemi. iDNES.cz [online]. 2017-04-21 [cit. 2017-04-22]. Dostupné online.
↑ZELENKO, Anton. Pardubice po výhře zůstávají v extralize, Vary po 20 letech sestupují. iDNES.cz [online]. 2017-04-23 [cit. 2017-04-23]. Dostupné online.