Česká fotbalová liga 2012/13, 3. nejvyšší fotbalová soutěž v Česku, měla stejně jako v předchozí sezóně 2011/12 stejně klubů a tedy i stejný systém. Vítězem a postupujícím do Národní ligy se stalo mužstvo FK Loko Vltavín. Z 2. ligy do ČFL sestoupila Sparta Praha B jako 16. celek 2. nejvyšší soutěže, naopak z divizí postoupily Kolín, Převýšov, Zápy, Strakonice a Horní Měcholupy.
Kluby podle krajů
Praha: Loko Vltavín, SK Horní Měcholupy, AC Sparta Praha B
Plzeňský: Jiskra Domažlice
Liberecký: SK Hlavice, Arsenal Česká Lípa
Karlovarský: 1.FC Karlovy Vary
Ústecký: FC Chomutov, SK Roudnice nad Labem
Jihočeský: FC Písek, SK Strakonice 1908
Středočeský: SK Kladno, FK Králův Dvůr, FK Kunice, SK Zápy, FK Kolín