Výstavba synagogy byla financována bohatým mecenášem židovského města Mordechajem Maiselem a vystavěna v roce 1577 společně s Židovskou (Maiselovou) radnicí. Stavitelem byl údajně z Itálie se přistěhovavší Pankratius Roder. Mimo tří oken na severní straně byla také dvě okna na východní, směrem do (dnes již neexistující) uličky V kolnách (zanikla během pražské asanace).
Synagoga sloužila jako soukromá modlitebna židovských konšelů a pro přísedící bejt dinu, a proto se původně vcházelo z prvního patra radnice.
Důvod výstavby Vysoké synagogy byl patrně mj. také ten, že Židovské město bylo až do regulace vltavských břehů ve 20. století často zaplavováno povodněmi a mnoho starších synagog v této lokalitě (Staronová, Pinkasova, Klausová, Stará škola ad.) mělo podlahy v gotických uličních úrovních, tudíž během kulminace povodňové vlny bývaly často zatopeny a nebylo možno je využívat. Tato situace se v ghettu v některých letech opakovala až pětkrát do roka.
Ve Vysoké synagoze vedle Staronové bylo živo. Byla sobota dopoledne, krásný slunný den. Velkými obloukovitými okny sem svítilo teplé slunéčko. A na galerii pro ženy bylo právě tak plno, jako dole v oddělení mužů. U svatostánku, zlatem zdobeným, zpívá krásným barytonem černovousý kantor Hirsch. Pak přistupuje Poldík Schleissnerů. Má nový, modrý dvouřadý oblek a novou „anglickou“ čepičku. Má přehozen krásný čistý talis se zlatým okrajem, dar to synagogy tomuto nejnovějšímu barmicvájingelu. (…) „Borchů es adonaj hamvorach…“ Pevným hlasem říká Poldi bróche a pak maftír, nazpaměť vše, vše… nečte to, i když mu Hirsch ukazuje zlatým ukazovátkem – jemnou zlatou rukou na konci štíhlé zlaté tyčky – na Svaté písmo v nažloutlých a tak příjemně vonících pergamenech… Dobře to řekl! Pak mluví k němu pan rabín Schwarz. Pak Hirsch, kantor s krásným orlím nosem, černým plnovousem a krásnýma tmavohnědýma očima.
“
— František R. Kraus: Hoši ze Svrabové čtvrti
V období holocaustu skladiště konfiskovaného židovského majetku.
↑MATOUŠKOVÁ, Kamila. 20 let Programu záchrany architektonického dědictví. Praha: Min. kultury, Národní památkový ústav, 2015. 134 s. ISBN9788074800238, ISBN8074800237. OCLC935878025 S. 98–99.
Literatura
FIEDLER, Jiří. Židovské památky v Čechách a na Moravě. Praha: Sefer, 1992. 200 s. ISBN80-900895-1-8.
CHRASTILOVÁ, Jiřina; PROKOP, Ivan. Devět židovských cest. Praha: Paseka, 2008. 400 s. ISBN978-80-7185-905-5.