Narodil se v Českých Budějovicích do rodiny místního mlynáře, podnikatele a politika Hynka Zátky, poslance rakouské Říšské rady. Vystudoval, poté získal zkušenosti v rodinné firmě. Jeho bratr August se stal právníkem a politikem, bratr Ferdinand podnikal a posléze přesídlil do Prahy.
Oženil se s pianistkou Karlou Zdenkou Františkou Havlíčkovou, neteří Karla Havlíčka Borovského.[3] Se svým bratrem Dobroslavem (19. 8. 1859 – 14. 12. 1946) podnikali v jižních Čechách. Vlastimil převzal otcův mlýn v Březí a s jeho podporou vystavěli a zprovoznili roku 1884 pod značkou Bratří Zátkové[4] na druhém břehu Vltavy továrnu na výrobu těstovin (nudlí a makaronů). Tento podnik se posléze stal největším svého druhu v Rakousku-Uhersku.[5] Od roku 1895 provozovali v Českých Budějovicích za Litvínovickým mostem i sodovkárnu (dříve Bratří Zátkové).
Rovněž působil jako president českobudějovické Obchodní a průmyslové komory.
Po smrti bratra Ferdinanda roku 1901 převzal Vlastimil řízení jeho rozsáhlé sodovkárny v pražském Karlíně, založené roku 1879, jedné z prvních ve střední Evropě. Tu vedl až do své smrti.
Úmrtí
Vlastimil Zátka zemřel 4. června 1907 v Březí ve věku 55 let. Byl pohřben v rodinné hrobce na Olšanských hřbitovech.
Se svou ženou měli čtyři dcery a dva syny. Sestry Růžena a Miloslava, známá jako Sláva Tonderová, byly známými malířkami, Růžena rovněž sochařkou.