Klub byl založen v roce 1944 jako Škoda České Budějovice. V roce 1994 došlo k ukončení činnosti všech volejbalových družstev mužské
kategorie v TJ Škoda Č. Budějovice. Současně bylo založeno Občanské sdrůžení Volejbalový Klub České Budějovice
a družstvo mužů se stalo plně profesionální. Od sezony 1996/97 patří ke špičce českého volejbalu. Družstvo mužů přešlo na plně profesionální bázi a největším sponzorem se stala firma Jihostroj a.s. Velešín. VK převzal název této firmy jako svůj sponzorský název.
Jihostroj České Budějovice je nejúspěšnějším českým volejbalovým klubem novodobé éry. Od roku 2000 získal jedenáct mistrovských titulů a osmkrát vyhrál Český pohár.
