Současný Ussurijsk byl založen v roce 1866 s jménem Nikolskoje (Никольское). Na jeho rozvoj měla velký vliv stavba a dokončení Ussurijské dráhy a celé Transsibiřské magistrály. V roce 1898 se stal Ussurijsk městem pod jménem Nikolsk (Нико́льск). Byl významným obchodním střediskem a v roce 1913 byl čtvrtým nejlidnatějším městem ruského Dálného východu (po Vladivostoku, Blagověščensku a Chabarovsku). V roce 1926 byl přejmenován na Nikolsk-Ussurijski (Нико́льск-Уссури́йский) pro odlišení od jiných Nikolsků. V roce 1935 byl přejmenován k poctě Klimenta Jefremoviče Vorošilova na Vorošilov. Po nástupu Nikity Sergejeviče Chruščova byl v roce 1957 konečně přejmenován na Ussurijsk podle řeky Ussuri, která pramení v horách Sichote-Aliň východně od města.