Seznam klášterů v Českých Budějovicích obsahuje stávají i zaniklé konventy, místní sídla kongregací a klášterní areály, které vznikly nebo po část své existence fungovaly na území Českých Budějovic.

Název	Obrázek	Denominace	Umístění	Založení	Galerie	Popis
Dominikánský klášter		dominikáni, piaristé, redemptoristé	Piaristické náměstí	~1260		Podrobnější informace naleznete v článku Dominikánský klášter (České Budějovice).
Františkánský klášter		františkáni	Emmy Destinové 1	1939		Zřízen u nově vystavěného kostela svatého Vojtěcha ve Čtyřech Dvorech. Fungoval do roku 1950. Koncem 40. let zde působil pouze představený a dva laičtí bratři. Dnes slouží jako sídlo Salesiánů.
Kapucínský klášter		kapucíni	Kněžská 8	1615–1621		Kapucíni v Č. Budějovicích působili od roku 1614. 3. 12. 1615 se městská rada zavázala vystavět klášter, který byl dokončen roku 1620 a slavnostně vysvěcen 1. 2. 1621. Zrušen byl 31. 12. 1786 Josefem II., uzavřen 16. 7. 1788. Klášterní kostel svaté Anny byl později využit jako sýpka. Objekt dnes slouží jako Teologická fakulta Jihočeské univerzity.
Klášter boromejek		boromejky	Karla IV., Jirsíkova	1945		Od roku 1850 působilo 16 boromejek v tehdejší nemocnici (ul. Karla IV.), později vystavěly areál mezi ul. Karla IV. a Jirsíkova (kostel Svaté Rodiny, sirotčinec, smíšená obecná i měšťanská škola), na přelomu 19. a 20. století vystavěly areál na křižovatce ul. Lannova a Jeronýmova (útulek, penzionát, řeholní dům a kapli svatého Karla Boromejského), který byl zničen bombardováním za 2. světové války. V roce 1950 byly budovy zestátněny, do roku 1956 působily boromejky v nemocnici.
Klášter františkánek		františkánky	Krajinská × Hradební	1781		V domě se zahradou získaném jako dar od Josefa Stiftera provozoval od roku 1781 řád sester svatého Františka chudobinec a od roku 1787 též nemocnici. V témže roce františkánky v souvislosti s Josefínskými reformami odešly.[1]
Klášter vincentek		vincentky	U Trojice	1937		V areálu tzv. morového špitálu zřídily tzv. Vincentinum, kde 3 nebo 4 sestry pečovaly o staré a nemocné osoby.
Kongregace bratří těšitelů z Gethseman		těšitelé	Suché Vrbné	1936		Klášter fungoval v letech 1936–1950. Viz též kostel svatého Cyrila a Metoděje. V současnosti je budova využívána jako Kněžský domov pro staré a nemocné duchovní.
Kongregace bratří Nejsvětější Svátosti		petrini	Žižkova 4	1888		Podrobnější informace naleznete v článku Kostel Panny Marie Růžencové (České Budějovice).
Kongregace sester Nejsvětější Svátosti		petrinky	Lipenská 1	1945		Podrobnější informace naleznete v článku Kostel Božského srdce Páně (České Budějovice).
Kongregace Školských sester de Notre Dame		notredamky	Na Sadech 19	1871		Podrobnější informace naleznete v článku Církevní mateřská škola U sv. Josefa.
Kongregace Salesiánů Dona Bosca		salesiáni	Emmy Destinové 1	1980/1990		V upravené budově u kostela svatého Vojtěcha ve Čtyřech Dvorech (původně zde sídlili františkáni). Oficiálně od roku 1990 po založení farnosti.
Křižovnický klášter		křižovníci	Krajinská 42-44	1351		Klášter zajišťoval provoz tehdejší nemocnice a přilehlého kostela svatého Václava (nedochoval se). V Českých Budějovicích působil v letech 1351–1359.
Piaristická kolej		piaristé	Biskupská 4	1763		Výstavba zahájena 1763, budova užívána od r. 1769, piaristům zabavena r. 1785 pro účely biskupské rezidence, kolej přesunuta do bývalého Dominikánského konventu.
Sestry Apoštolátu III. řádu sv. Františka		urbanky	U Černé věže 4	1930		Urbanky zpravidla žily jednotlivě v soukromých bytech, v Č. Budějovicích však sídlily v malé komunitě (2-4) na děkanství. Poskytovaly ošetřovatelskou i duchovní službu v domácnostech, v 50. letech pod hlavičkou Červeného kříže. Mezi lety 1958–1960 byly vězněny a činnost přerušily.

V Českých Budějovicích existovalo několik areálů, které spravovaly či vlastnily i kláštery fungující mimo území města. Nejčastěji byly tyto klášterní domy využívané ke vzdělávání.

Název	Obrázek	Zakladatel	Umístění	Založení	Galerie	Popis
Nadační dům		Vyšebrodský klášter	Lannova 12	1862-65		Dům vystavěn Vyšebrodským klášterem.
Nonnenhof		Dominikánský klášter	Panská-Česká	<1643		Velký dům v bloku mezi Panskou a Českou je v majetku dominikánů doložen v roce 1643. Obývaly jej pravděpodobně bekyně pracující pro klášter.[2]
Teologicko-filozofický seminář		Jan Prokop Schaaffgotsche, Vyšebrodský klášter	Kněžská 8	1802		Bývalý kapucínský konvent, dnešní Teologická fakulta.
Vyšebrodský dům		Vyšebrodský klášter	Krajinská 21	1818		Dům „U Zlatého bažanta“ zakoupen Vyšebrodským klášterem od Marie Anny Joosové za 8000 zlatých.

• NOVOTNÝ, Miroslav. Encyklopedie Českých Budějovic - kostely a kaple [online]. Č. Budějovice: NEBE [cit. 2015-05-31]. Dostupné online. 

• Seznam kostelů a modliteben v Českých Budějovicích
• Seznam drobných sakrálních památek v Českých Budějovicích

• Obrázky, zvuky či videa k tématu Seznam klášterů v Českých Budějovicích na Wikimedia Commons