Nějaké sídlo lužickosrbských lupičů zde existovalo pravděpodobně již v 11. století. Roku 1158 založil dánský král Valdemar I. Veliký hrad. Další písemné zprávy jsou až z roku 1253, kdy dal dánský král Kristián I. sídlo opevnit hradbami. Staré Město vzniklo na ostrově Als, kde je dosud většina památek. Městem se Sønderborg nazýval až od 15. století. Město mělo strategický význam pro jižní Dánsko v německo-dánské válce z roku 1864.
Ve městě je množství škol, včetně univerzitních pracovišť a místní sportovní i fotbalový klub.
Památky
Hrad Sønderborg – královské sídlo a pevnost, zbudován roku 1158, v 16. století přestavěn na knížecí zámek; sídlí zde Královská vojenská akademie a Muzeum jutské kultury
Kostel Panny Marie - trojlodní halová stavba, postavena kolem roku 1600 na místě staršího kostela svatého Jørgena; proboštství diecéze Haderslev