Po otci byl původně předurčeným dědicem poloviny panství Uherský Brod na jižní Moravě, které se ale vzdal ve prospěch nevlastního strýce Lva Viléma z Kounic.[11] Sňatkem s Marií Alžbětou z Valdštejna, jedinou dcerou zavražděného generalissima Albrechta z Valdštejna získal podíl na severočeských panstvích Nový zámek a Česká Lípa.[12] I když šlo jen o zlomek zaniklého Frýdlantského vévodství, jednalo se o velké panství s jedním městem, dvěma městečky a 32 vesnicemi, které jako své věno obhájila Valdštejnova vdova Alžběta Kateřina z Harrachu.[13] Ta nesouhlasila se sňatkem dcery, protože Kounice nepovažovala za dobrou partii, Rudolf s Marií Alžbětou nicméně převzal správu panství a aktivně se podílel na obnovení hospodářství, zakládal nové hospodářské dvory, ovčíny a ovocné sady. S městskou radou České Lípy se dostal do dlouholetého konfliktu v otázce městských privilegií, spor byl vyřešen smírem v roce 1660. V roce 1649 koupil Rudolf panství Velké Meziříčí, z předepsané kupní ceny 80 000 zlatých ale zaplatil jen část, protože se jednalo o uznání pohledávek kardinálaArnošta Vojtěcha z Harrachu, který byl strýcem Rudolfovy manželky a novým patronem Kouniců.[14] Také ve Velkém Meziříčí se Rudolf snažil o obnovu hospodářství po třicetileté válce, v roce 1650 zřídil nový panský pivovar v budově bývalého luteránské gymnázia.[15] V roce 1661 koupil panství Miroslav na Znojemsku,[16] vlastnil také další menší statky na jižní Moravě, trvale ale s manželkou pobýval na Novém zámku v severních Čechách, který od doby Albrechta z Valdštejna poskytoval dostatečný komfort.[17]
Manželství a rodina
Dne 15. října 1645 se oženil s Marií Alžbětou z Valdštejna (1625–1662), jedinou dcerou a dědičkou zavražděného generalissima Albrechta z Valdštejna. Manželé měli sedm dětí, dospělého věku se dožili tři synové. Po předčasné smrti obou rodičů byl jejich poručníkem prastrýc Arnošt Vojtěch z Harrachu. Rudolfovými nástupci byli tři synové:
1. Arnošt František (1646–1680), důstojník císařské armády, dědic panství Nový zámek
2. Ferdinand Ignác (1655–1687), císařský komorník, dědic panství Velké Meziříčí
3. Jan Vilém (1656–1721), císařský komorník, dědic panství Nový zámek
.svg)
