Podjednotka je v biochemii termín pro určitou molekulu proteinu, která se spolu s jinými proteiny podílí na stavbě bílkovinného komplexu, též označovaného jako oligomerní či dokonce multimerní (složený ještě z více podjednotek) protein. Jedná se o běžný jev, mezi oligomerní proteinové komplexy, tzn. molekuly složené z více podjednotek, patří např. hemoglobin, DNA polymerázy, nukleozomy; mezi multimerní patří například iontové kanály, mikrotubuly či další složky cytoskeletonu. Proteinový komplex ze dvou podjednotek se běžně označuje jako dimer.