Od vzniku samostatné České republiky v lednu 1993 byla ČNR transformována na Poslaneckou sněmovnu Parlamentu České republiky. Zde mandát obhájil v sněmovních volbách v roce 1996 a sněmovních volbách v roce 1998. Od roku 1996 byl místopředsedou poslaneckého klubu ODS. V lednu 1998 přestoupil do poslaneckého klubu nově utvořené Unie svobody, přičemž pak od ledna 1998 zastával funkci místopředsedy klubu Unie svobody a od března 1998 předsedy tohoto klubu. Ve volebním období 1998-2002 byl místopředsedou klubu Unie svobody. V letech 1996-1998 byl místopředsedou zemědělského výboru sněmovny a také členem organizačního výboru, v němž pak v letech 1998-2002 působil na místopředsednickém postu, zatímco setrval na pozici řadového člena zemědělského výboru.[5][6][7] V roce 2002 se uvádí jako místopředseda Unie svobody-DEU. Do sněmovny ale toho roku zvolen nebyl. Patřil totiž mezi řadu politiků Unie svobody, které přeskočili díky preferenčním hlasům lidovečti kandidáti v rámci volební aliance KDU-ČSL a US-DEU, takzvaná Koalice. Za US-DEU se nicméně ještě podílel na dojednávání koaliční vlády s ČSSD a KDU-ČSL.[8] V lednu 2003 se rozhodl na post místopředsedy strany nekandidovat a politiku opustil.[9]
Z tohoto titulu zastupoval ČKA v následujících společnostech:
BH Capital, a.s.
PRISKO a.s.
Českomoravská nemovitostní, a.s.
Konpo s.r.o.
IMOB a.s. o – předseda DR - V květnu 2006 informovala média, že se v této agentuře, respektive v její dceřiné společnosti Galileo Real, pohřešuje půl miliardy korun.[11][12] - následně na svůj post rezignoval. Svůj odchod tehdy komentoval následovně: „přestože za celou věc necítím žádnou odpovědnost, považuji za morálně správné, abych jako předseda dozorčího orgánu rezignoval.“ [13]Policie dopadla pachatele podvodu a pražský vrchní soudodsoudil dva manažery - Jana Šika (5,5 roku) a Miloše Skořepu (8,5 roku)[14][15]Pešek vystupoval za stát jako svědek proti obžalovaným.
