Rozsáhlý trojlodní kostel byl i s křižovnickým klášterem v roce 1419 zpustošen a později úplně rozbořen rozlíceným husitským davem. Po zlepšení poměrů se řeholníci vrátili do Prahy a konali bohoslužby v bývalé sakristii.
V barokním období – za probošta Viléma Elbla z Elbinberku († 1690) – došlo k obnově západní části klášterní budovy. Během rekonstrukce byla v sutinách nalezena tato socha, kterou řeholníci následně umístili do kaple (v roce 1660).
Velká úcta zbožného lidu k této Madoně je zřejmá například z daru měšťana Daniela Mazánka ze Zlatého pole, který roku 1699 ve své závěti odkázal 10 000 zlatých pro obnovení chrámu na Zderaze. S touto barokní stavbou se začalo v roce 1722.
Modlitba k Panně Marii Zderazské
Milostná socha Madony byla z kaple do nového kostela přenesena za velkých slavností 8. prosince 1731. Slavnostní kázání karmelitána P. Vojtěcha o těchto slavnostech bylo vydáno tiskem s titulem:
„Phoenix z popele obživlý aneb Sláva domu Páně Zderadského knížat apoštolských sv. Petra a Pavla z hrobu prvního Zderadského slavného chrámu v smutných před léty zříceninách pohřbeného, radostně vzkříšená, kteréhožto v nově pozdviženého domu Božího nejdražší ozdoba sumovní sláva po Kristu Spasiteli jest největší Matka Maria, v starožitným a milostným svatým obraze Zderazským, již zdávna od věřícího stavu vyššího i nižšího nábožně ctěná, velebená a vzývaná a onehdy k většímu Zderadsko – mariánských ctitelů potěšení a žádosti do nového předřečeného chrámu kanovníků regulárních nejsvětějšího hrobu Páně strážních s dvojnásobným červeným křížem slavně přenesená..“
K Madoně se o pomoc utíkaly zvláště ženy v požehnaném stavu a matky po porodu. Klášterní letopisy vypravují o mnohých dobrodiních přičítaných Madoně. Stejnou řečí hovoří i rytiny, kterých se z 18. století zachovalo několik, dále pak i zvláštní modlitby k Panně Marii Zderazské. Jedna z nich původem od Václava Suchého vytištěná roku 1742 v Praze je dnes umístěna na klekátku před Madonou.
