Většina pobřežních oblastí je porostlá mangrovy[1]. K zálivu patří několik menších zálivů – záliv Parita v západní části Panamského zálivu, zátoka Panama na severu a záliv San Miguel na východě, do kterého ústí největší panamská řeka Tuira. Ve východní části se nachází Perlové souostroví (španělsky Archipiélago de las Perlas).