Začíná v kopcovité krajině v Judských horách, západně od města Chalchul. Teče pak severozápadním směrem a poblíž vesnice Aderet vstupuje na území Izraele. Následný úsek poblíž vesnic Neve Micha'el, Netiv ha-Lamed He a Zecharja vede zalesněným mělkým údolím v nadmořské výšce okolo 250 metrů. Jde o údolí zmiňované v Bibli jako údolí Ela neboli Dolina Posvátného stromu, a to v První knize Samuelově 17,2: „Ale Saul a muži Izraelští sebravše se, položili se v údolí Elah, a sšikovali se k bitvě proti Filistinským“[1] Právě v potoce Nachal ha-Ela měl biblický David vybrat několik kamenů, které pak použil do praku proti Goliášovi.[2] Na ploše cca 220 dunamů (22 hektarů) zde je vyhlášena přírodní rezervace, která chrání vegetaci podél toku, zejména vzácný druh stromového porostu.[3] Jde například o jilmy (konkrétně druh Ulmus canescens).[4] Poblíž vesnice Netiv ha-Lamed He do Nachal ha-Ela ústí zprava vádíNachal Sansan a jeho přítok Nachal Eciona.
V dalším úseku pokračuje Nachal ha-Ela tentokrát již k západu skrz pahorkatinu Šefela, která se pozvolna sklání do pobřežní planiny. Z východu obtéká město Kirjat Mal'achi a pak už zcela rovinatou krajinou míří k severozápadu. U vesnice Štulim na východním okraji města Aškelon ústí do řeky Lachiš, která pak po několika kilometrech vtéká do Středozemního moře.
